ส่วนการดำเนินการโครงการรับจำนำข้าวเปลือกทั้ง 5 ฤดูกาลผลิต แม้ว่าจะพบความเสียหายหลายประการ แค่เป็นความเสียหายที่เกิดขึ้นจากฝ่ายปฏิบัติ จำเลยในฐานะประธานคณะกรรมการนโยบายข้าวแห่งชาติ (กขช.) ได้มีการกำหนดหลักเกณฑ์และวิธีการเพื่อป้องกันความเสียหายไว้ตั้งแต่ตอนเริ่มโครงการ อีกทั้งเมื่อพบความเสียหายก็ได้มีการปรับปรุงหลักเกณฑ์และวิธีปฏิบัติเป็นระยะ จึงยังฟังไม่ได้ว่าจำเลยปฏิบัติหรือละเว้นการปฏิบัติหน้าที่เพื่อให้เกิดความเสียหาย ปฏิบัติหรือละเว้นการปฏิบัติหน้าที่โดยทุจริต หรือใช้อำนาจในตำแหน่งหรือหน้าที่โดยมิชอบ
แต่การระบายข้าวแบบรัฐต่อรัฐ (จีทูจี) โดยกรมการค้าต่างประเทศ ขายข้าวในสต็อกของรัฐให้บริษัทกว่างตง และบริษัทห่ายหนานฯ รัฐวิสาหกิจของมณฑลประเทศจีนนั้น ศาลเคยวินิจฉัยว่าเป็นการขายที่ไม่ชอบด้วยกฎหมาย เรื่องนี้ ส.ส. ได้นำไปอภิปรายไม่ไว้วางใจให้จำเลยทราบ ตลอดจนผู้ประกอบธุรกิจค้าข้าวที่เคยเกี่ยวข้องกับการทุจริต และบุคคลที่เคยเป็นผู้ช่วย ส.ส. ที่จำเลยสังกัดได้รับแต่งตั้งเป็นตัวแทนของรัฐวิสาหกิจจีนที่มาซื้อข้าว อีกทั้งก่อนมีการอภิปรายไม่ไว้วางใจ จำเลยได้ให้สัมภาษณ์ยืนยันว่าเป็นการขายแบบรัฐต่อรัฐจริง ภายหลังแม้นายบุญทรง เตริยาภิรมย์ รมว.พาณิชย์ ได้แต่งตั้งคณะกรรมการตรวจสอบข้อเท็จจริง แต่องค์ประกอบคณะกรรมการล้วนแล้วแต่เป็นข้าราชการกระทรวงพาณิชย์ภายใต้การบังคับบัญชาของนายบุญทรง และทำการตรวจสอบไม่ตรงตามประเด็น แสดงให้เห็นว่าไม่ตั้งใจตรวจสอบอย่างจริงจัง และจำเลยเพิ่งปรับนายบุญทรงออกจากตำแหน่ง รมว.พาณิชย์ ในวันที่ 30 มิ.ย. 2556
“ตามพฤติการณ์แสดงให้เห็นว่าจำเลยทราบว่าสัญญาขายข้าวแบบรัฐต่อรัฐไม่ชอบด้วยกฎหมาย แต่ไม่ระงับยับยั้งปล่อยให้มีการส่งมอบข้าวตามสัญญาให้รัฐวิสาหกิจจีนต่อไปอีก อันเป็นการแสวงหาประโยชน์ที่มิควรได้โดยชอบด้วยกฎหมายสำหรับผู้อื่น การกระทำของจำเลยจึงเป็นการละเว้นการปฏิบัติหน้าที่โดยทุจริต เป็นความผิดตามประมวลกฎหมายอาญามาตรา 157 (เดิม) และพระราชบัญญัติประกอบรัฐธรรมนูญว่าด้วยการป้องกันและปราบปราการทุจริต พ.ศ. 2542 มาตรา 123/1 ลงโทษจำคุก 5 ปี” เอกสารข่าวศาลฎีกา ระบุ
หลังคำพิพากษา ตำรวจสน.ทุ่ง 2 ห้องระบุว่า จะออกหมายจับส่งให้ผบ.ตร.เพื่อสางหมายจับไปทั่วประเทศและตามด่านตรวจคนเข้าเมือง
ขณะเดียวกันจะตรวจค้นบ้านน.ส.ยิ่งลักษณ์ เพื่อหาหลักฐานเพิ่มกรีณีรถคัมรี