มัสยิดของมูลนิธืเพื่อศูนย์กลางอิสลามแห่งประเทศไทย เป็นมัสยิดแห่งเดียวในโลกที่ละหมาดอีดิ้ลอีฎฮา 2 วัน วันที่ 16 มิ.ย.และ 17 มิ.ย.
มัสยิดของมูลนิธิเพื่อศูนย์กลางอิสลามแห่งประเทศไทย ตั้งอยู่ซอย 5 ถนนรามคำแหง เป็นมัสยิดที่ไม่ไดัจดทะเบียน แต่สังกัดมูลนิธิฯ ที่ถือว่ามีบทบาทสำคัญ โดยมัสยิดแห่งนี้โดยพฤตินัยมีองค์กรบริหาร 2 องค์กร คือ สถาบันนักศึกษาผู้ใหญ่ธรรมอิสลาม มีอาจารย์ชาฟีอี นภากร เป็นผู้นำ ทำหน้าที่เป็นอิหม่ามประจำมัสยิด กำหนดการละหมาดอีดทั้ง 2 วัน ล่าสุด สถาบันฯประกาศละหมาดอีด วันที่ 16 มิ.ย. ตามประกาศของซาอุดิอารเบีย
อีกองค์กรหนึ่ง คือ มูลนิธิฯ จะทำหน้าที่ดูแลด้านการช่วยเหลือสังคม การดูแลเด็กกำพร้า และอื่นๆ ปัจจุบัน มีนายวัชระพล โกมลตะเมธี มุสลิมปาทาน เป็นประธานต่อจากนายสามารถ มะลูลีม
ซึ่งระยะหลังมูลนิธิฯถูกวิจารณ์เรื่องการกำหนดละหมาดวันอีด ไม่ตรงจุฬาราชมนตรี จึงกำหนดละหมาดวันอีดอีกวันตรงกับประกาศจุฬาราชมนตรี ปีไหนไทยประกาศวันอีดตรงกับซาอุฯ ก็จะมีการละหมาดอีดวันเดียว หากกำหนดวันต่างกันก็จะมีการละหมาด 2 วัน นับเป็นแห่งเดียวในโลกที่มัสยิดเดียวกำหนดละหมาด 2 วัน ซึ่งแล้วแต่ความเชื่อของแต่ละฝ่ายว่าจะมาละหมาดวันไหน หากเอกอัคราชทูตซาอุฯเดินทางมาร่วมละหมาด ก็จะมาละหมาดในวันที่จุฬาราชมนตรี กำหนดเป็นวันอีด
