มีรายงานว่า คณะกรรมการอิสลามประจำจังหวัดทั่วประเทศ เกิดความไม่พอใจกรรมการอิสลามประจำกรุงเทพมหานครอย่างสูงกรณีได้ทำหนังสือถึงจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย สำนักนายกรัฐมนตรี รวม 6 หน่วยงาน คัดค้านการจัดงบประมาณส่งเสริมกิจการฮาลาลผ่านศูนย์วิทยาศาสตร์ฮาลาล จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย โดยระบุว่า ขัดต่อกฎหมาย เป็นการแทรกแซงกิจการอิสลาม กรณีการจัดสรรงบประมาณให้กับกอ.ประจำจังหวัดทั่วประเทศ โดย 40 จังหวัด ได้รับการจัดสรรงบ ประมาณ 20 ล้านบาท โดยกอ.ทั่วประเทศ 40 จังหวัด ได้ลงนามใน TOR เพื่อรับการจัดสรรเงินเรียบร้อยแล้ว ยกเว้น กอ.กทม. ที่ได้รับการจัดสรรจำนวน 800,000 บาท ไม่ยอมลงนามในTOR แต่ได้ทำหนังสือถึง 6 หน่วยงานเพื่อคัดค้านการจัดสรรงบประมาณ
ท่าทีของกอ.กทม.ได้สร้างความไม่พอใจให้กับ กอ.ทั่วประเทศ เนื่องจากงบที่ได้รับเป็นการส่งเสริมการทำงานของกอ.ทั่วประเทศ การที่กอ.กทม.คัดค้านการจัดสรรงบดังกล่าวกระทบต่อการทำงานของกอ.ทั่วประเทศ โดยในปีต่อไปอจจะมีการจัดสรรงบประมาณของภาครัฐ
